本會以會員大會為最高權力機構，分置理事會與監事會。由理事長擔任總召集人，分別設置，由召集人一名及會員共同組成「國際交流」、「教育訓練」、「產學合作」、「學術科技發展」四個委員會。另外置秘書處，設祕書長與副秘書長各一名，管理會務組與專案組，承理事長之命處理本會會務與專案執行。
理監事會
本會設置理事會與監事會。理監事會由十五名理事組成，任期為兩年，由會員選舉產生。理事互選產生常務理事共五名，並從常務理事中選舉一人為理事長。理事長對內綜理督導會務，對外代表本會，並擔任會員大會與理事會主席；監事會由會員選舉產生監事共五名，任期亦為兩年，再由監事互選一人為常務監事，負責督導會務之運作。
第十屆理監事名錄
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職務 |
姓名 |
現任職稱 |
| 理事長 | 周天穎 | 逢甲大學建設學院院長 |
| 常務理事 | 阮明淑 | 世新大學資訊傳播學系副教授 |
| 常務理事 | 陳炤堅 | 農識國際股份有限公司總經理 |
| 常務理事 | 費雯綺 | 行政院農業委員會藥物毒物試驗所所長退休 |
| 常務理事 | 葉美伶 | 逢甲大學地理資訊系統研究中心處長 |
| 理事 | 許輔 | 國立臺灣大學園藝暨景館學系研究所教授 |
| 理事 | 陳世芳 | 國立臺灣大學生物機電工程學系副教授 |
| 理事 | 陳淑慧 | 鮮活農產有限公司總經理 |
| 理事 | 馮誠萬 | 財團法人中央畜產會高級專員 |
| 理事 | 黃裕星 | 國立臺灣大學植物醫學學程兼任教授 |
| 理事 | 林達德 | 國立臺灣大學生物機電工程學系教授 |
| 理事 | 林明賢 | 友達光電軟體暨服務商業發展專案室資深處長 |
| 理事 | 邱奕志 | 國立宜蘭大學生物機電工程學系終身特聘教授 |
| 理事 | 吳明哲 | 行政院農業委員會畜產試驗所遺傳育種組組長退休 |
| 理事 | 葉耀明 | 開南大學資訊管理學系教授 |
| 常務監事 | 吳文正 | 合作金庫銀行北區債管管理中心專門委員退休 |
| 監事 | 方煒 | 國立臺灣大學生物機電工程學系教授 |
| 監事 | 江昭皚 | 國立臺灣大學生物機電工程學系教授 |
| 監事 | 洪福良 | 鍠麟機械有限公司總經理 |
| 監事 | 張明毅 | 國立宜蘭大學生物機電工程學系講師 |